La Camargue est une formation géologique récente (10000 ans) issue du recul progressif de la mer et du dépôt d'alluvions des différents lits du Rhône constituant par endroit des cordons sableux. Ces cordons marquant les lignes de rivages successives délimitaient les lagunes isolées progressivement de la mer pour former des plans d'eau peu profonds alors soumis aux eaux douces.

Cette faiblesse de profondeur permet l'installation d'herbiers aquatiques tels que les "potamots" et les "charas" encore appelés localement "gratte".

Espace de multi-usages traditionnels, les étangs sont aussi une "remise" (lieu de repos) importante pour des milliers de canards hivernants.

Les conflits d'usages autour des besoins en eau compromettent aujoud'hui une qualité durable de ce milieu et perturbent le fonctionnement des milieux périphériques tels que les roselières.

Les prairies humides naturelles méditerranéennes servent de refuge pour de nombreuses plantes sauvages peu répandues en France tels que le Narcisse des Poètes, la Nivéole ou encore l'Orchis à fleurs lâches. Ces habitats sont favorisés par des inondations temporaires dues au débordement de cours d'eau ou à des remontées de nappes phréatiques.

Ils sont également préservés par le maintien d'activités pastorales traditionnelles extensives de pâturage et de fauche. Les plus belles prairies sont observables en basse vallée du Vistre et en piémont des Costères, secteurs appelés localement "les prés du Cailar" et "les launes de Gallician".

Elles sont essentiellement menacées par leur mise en culture (prairies semées), le sur-endiguement des cours d'eau, l'intensification du drainage et de l'assainissement. Leur maintien à long terme passe avant tout par l'amélioration du fonctionnement écologique de leur bassin versant.

Les lagunes languedociennes et camarguaises sont des étangs d’eau salée (salinité importante pouvant atteindre ou dépasser celle de la mer) souvent reliés naturellement à la mer par un « grau » ou artificiellement par un canal. Les lagunes ne sont, en général, pas très profondes et certaines peuvent même s’assécher partiellement en été, laissant souvent la place à la sansouïre.

La grande diversité des lagunes est à l’origine d’une biodiversité importante notamment piscicole et avifaunistique. Les lagunes profondes jouent un rôle de nurserie pour de nombreux poissons marins du Golfe du Lion (daurades, muges, anguilles, etc). Les lagunes peu profondes sont des zones d’alimentation pour de nombreux échassiers et limicoles (flamants roses, avocettes, chevaliers, gravelots, etc).

Les lagunes souffrent en général d’un morcellement excessif (routes, canaux, digues) et d’un enrichissement en matières organiques de l’eau pouvant conduire aux « malaïgues » estivales (désoxygénation de l’eau).

Les plages du Golfe du lion sont étendues et les dunes de l’Espiguette constituent sans aucun doute l’un des plus beaux écosystèmes dunaires de Méditerranée septentrionale Ces milieux constituent un habitat naturel très important pour des espèces végétales ou animales spécifiques à ce milieu sableux difficile, très sec et salé.

Le système dunaire de l’Espiguette est très actif et diversifié avec des dunes mobiles non végétalisées de types saharien (barkanes), des dunes blanches à oyats ou des dunes à genévrier de Phénicie en allant vers le massif des baronnets.

La montée du niveau de la mer malmène ces fragiles édifices naturels. Des programmes de consolidation ou de reconstitution de dunes sont menés notamment à l’aide de barrages de piquets de bois qui piègent le sable. Autrement appelés « ganivelles », ils sont implantés sur l’ensemble du littoral de Camargue et du Golfe du Lion.